En la segunda mitad, todo comenzó siendo una prolongación de la primera etapa.
Pero a los 5 minutos, Ceballos peleó una pelota y tocó para Musto, que en la medialuna del área y cuando todos pensaban que iba a rematar al arco, habilitó muy bien a Diego Sequeira, que enfrentó al arquero Cristian Campestrini y definió abajo, contra un palo, para poner el 1 a 0.
Quilmes ganaba en la primera vez que pudo ser claro, y se ponía en ventaja casi desde los vestuarios. Claro, el gol cambió el rumbo de la historia. Porque Almirante se vio obligado a salir, porque Quilmes encontró espacios y empezó a jugar más tranquilo y con mucha mayor claridad. El trabajo defensivo del Cervecero era perfecto. Entre Musto y Marcelo Guzmán cortaban todo en el medio, y la última línea no dejaba respirar a los delanteros visitantes. Y a los 18 minutos, el entrenador cervecero Alberto Fanesi hizo un cambio que no fue uno más. Diego García reemplazó a Sequeira, que se retiró con una contractura. Y el juvenil cervecero comenzó a hacer un surco en la derecha, porque con su velocidad desequilibró constantemente, desbordando una y otra vez. Almirante apenas pudo llegar con remates de media distancia, como el de Román Díaz, pero Marcelo Pontiroli mandó la pelota al tiro de esquina. Aun así, Quilmes seguía siendo más y llegaba. Primero con un desborde de Diego García, un centro que se cerró y Campestrini tuvo que manotear la pelota por arriba. Y luego, de ese tiro de esquina llegó el segundo. Juan Olivares le pegó desde la izquierda y Héctor Sosa tomó la pelota como venía, de bolea y de zurda, y la clavó contra el palo derecho del arquero: 2 a 0. Quilmes ponía cifras definitivas al marcador y cerraba el partido. Porque a partir de ese momento, Almirante fue como pudo, El Cervecero lo esperó y jugó de contraataque, pudiendo haber goleado. A los 31 ingresó Germán Alemanno por Sergio Marclay, para aprovechar su velocidad en los contragolpes. Encima, un minuto más tarde Almirante se quedó con diez, cuando Alejandro Del Águila se fue expulsado por segunda tarjeta amarilla. La visita iba a buscar y en cada contra sufría, porque Quilmes llegaba con peligro. Diego García primero y Olivares después pudieron haber aumentado. También lo tuvo Ceballos, que recibió un rebote en el área y con el arquero vencido tiró la pelota afuera. Almirante llegó una sola vez, cuando aprovechó un mal saque de meta, Sebastián Penco definió en el área chica y Walter García sacó la pelota sobre la línea. Sobre el final ingresó Luciano Rodríguez por Ceballos, pero ya estaba todo dicho. Quilmes controló la pelota en los últimos minutos y terminó ganando merecidamente.
